Continuando a ir para a Cidade de Icirrus e a próxima Batalha de Ginásio de Ash, nossos heróis se vêem perdidos dentro da Montanha Twist e suas muitas cavernas. Porém, eles se deparam com um Pesquisador Pokémon chamado Ferris, que acaba de descobrir um fóssil de um antigo Pokémon Prototartaruga, Tirtouga. Logo, eles são enxotados da montanha por uma amiga de infância de Ferris chamada Sierra, que agora comanda a operação de mineração na montanha.
De volta à casa de Ferris, nós descobrirmos que quando ele era criança, ele jura que conheceu e brincou com Tirtouga na montanha! Enquanto ele e nossos heróis fazem teorias que isso deve ser por causa de algum tipo de depósito do tempo, a Equipe Rocket(juntamente com o Dr. Zager) está planejando roubar e restaurar o Fóssil Casco de volta à vida, e por isso eles precisam viajar de volta no tempo usando o mesmo tipo de depósito (o Portal de Tempo), um portal no passado) que Ferris tinha experimentado quando era garoto com Tirtouga.
O plano é voltar ao passado, roubar quantos Pokémon antigos for possível, e trazê-los de volta ao mundo moderno, deste modo os habilitando a governar a Região de Unova.
Nossos heróis não terão nada a ver com isso, porém, a batalha começa.
Entretanto, a Equipe Rocket construiu muitas defesas ao redor de seus equipamentos e nossos heróis não podem penetrá-los.
De repente, o Tirtouga restaurado escapa, com Ash e Ferris perseguindo-os freneticamente. Deixamos o episódio enquanto eles tentam convencer um Tirtouga furioso de que não querem lhe fazer mal, enquanto a Equipe Rocket está determinada a pegar Tirtouga e completar a missão de tomar a Região de Unova para eles.
