Enquanto Ash chega animadamente à Região de Unova junto com Pikachu, sua mãe e o Professor Carvalho, nós descobrimos, ao mesmo tempo, que Giovanni designou a Equipe Rocket para uma tarefa importante na Região de Unova também. Enquanto Jessie, James e Meowth se preparam para sua nova tarefa, o Professor Carvalho apresenta Ash para a Professora Juniper, uma das principais pesquisadoras da Região de Unova. De repente, uma nuvem negra de tempestade aparece, e Pikachu é atingido por uma enorme descarga elétrica. Após inicialmente examinar Pikachu, a Professora Juniper parece não encontrar nada de errado. Mais tarde, quando Ash batalha com um novo Treinador chamado Trip e seu Pokémon iniciante Snivy, Pikachu não consegue usar nenhum dos seus movimentos tipo elétrico. De volta ao laboratório da Professora Juniper, descobrimos que Pikachu foi afetado por uma enorme descarga elétrica absorvida durante a tempestade, de repente a mesma nuvem negra aparece novamente! Então, a Professora Juniper, conta a história do Pokémon lendário Zekrom, fazendo todos se perguntarem o que poderia ter causado o misterioso desaparecimento dos poderes tipo elétrico de Pikachu. Pikachu será capaz de utilizar esses poderes novamente?